计智伟

学   位

工学博士

职  称  

教授、博士生导师

部   门

（系别）

计算机系

E-mail

Zhiwei.Ji@njau.edu.cn

通信地址

南京市卫岗1号 综合楼A622-1

（团队主页： cdsic.njau.edu.cn，公众号：CDSIC）

个人简介

计智伟，教授，博士生导师，于2020年8月以海外高层次引进人才加盟澳门尼威斯人网站8311欢迎您。数据科学与智能计算研究中心（Center for Data Science and Intelligent Computing）负责人。智能科学与技术博士点学术带头人。数据科学与大数据技术本科专业负责人。回国之前，计博士受聘于美国德克萨斯大学(The University of Texas)，生物医学信息学系（SBMI），助理教授。

计博士于2016年在同济大学计算机系取得“模式识别与智能系统”专业的博士学位。从2013年5月起，在美国维克森林大学和德克萨斯大学从事科研工作，先后任研究员，博士后，助理教授。研究兴趣包括：大数据智能计算，人工智能与模式识别，生物信息与系统生物学。近五年，在相关领域重要期刊，包括：Briefings in Bioinformatics (2023), Cell Death & Disease (2022), PLoS Computational Biology (2019), Computers in Biology and Medicine (2021), Transboundary and Emerging Diseases (2021), IEEE Transactions on Industrial Informatics (2021), IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems (2019), Expert Systems with Applications (2022), Knowledge-based Systems (2021), Information Sciences (2019), IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (2022, 2021, 2020), Plant Phenomics (2023),发表SCI论文50多篇，谷歌他引2100多次，H指数27。共有7篇论文进入全球引用前1%。单篇他引超过100次的论文有8篇。申请中国发明专利4项：已授权1项 (2019)、实质审查公开2项 (2022，2023)。计博士的研究成果受到了领域学者的广泛关注，多个算法模型已被写入Springer和Elsevier经典教材并分别于2019和2020年在全球公开发行。受邀担任TII, TKDE, TSMC, BIB, ESWA, KBS, CVPR, ICDM和BIBM等知名期刊和会议的同行评审专家。作为Guest Editor，分别在TCBB, Frontiers系列杂志上成功举办了6个Special Issue，出版Ebook一部。

˜ 工作经历

Ø 2019.3-2020.7，美国德克萨斯大学，休斯顿健康科学中心UTHealth，生物医学信息学系(SBMI)，助理教授。

Ø 2017.7-2019.2，美国德克萨斯大学，休斯顿健康科学中心UTHealth，生物医学信息学系(SBMI)，博士后。合作导师：Prof. Xiaobo Zhou（AIMBE Fellow）

Ø 2016.9-2017.6，美国维克森林大学，放射系，生物信息与系统生物学研究中心，博士后。合作导师：Prof. Xiaobo Zhou。

Ø 2013.5-2015.6，美国维克森林大学，放射系，生物信息与系统生物学研究中心，研究员。

Ø 2003.7-2011.6，浙江农林大学，信息工程学院，讲师。

˜ 教育经历

Ø 2011.9-2016.3，同济大学，计算机系，模式识别与智能系统，工学博士。导师：黄德双教授（IEEE Fellow, IAPR Fellow, AAIA Fellow）

Ø 2006.9-2009.3, 上海大学，计算机工程与科学学院，计算机应用技术，工学硕士。导师：吴耿锋教授

Ø 2005.2-2006.1，浙江大学，计算机科学与技术学院，访问学者。

Ø 1999.9-2003.6，浙江农林大学，信息工程学院，计算机科学与技术，工学学士。

˜ 学术荣誉或学术兼职

Ø 中国生物信息学会-多组学与整合生物学专委会委员，2022.05--现在

Ø 中国-拉丁美洲农业教育科技创新联盟专家，2022.03--现在

Ø 科技部 国家科技专家库评审专家，2021.06--现在

Ø 南京农业大学澳门尼威斯人网站8311欢迎您学术委员会委员，2020.09--现在

Ø 江苏省生物信息学专业委员会委员，2020.11--现在

Ø 江苏省教育厅本科专业综合评估专家，2021.09--现在

研究领域

1. 大数据分析、挖掘与建模技术

2. 人工智能理论与应用研究

3. 生物信息与系统生物学

4. 图像处理与模式识别

承担项目

1. 基于空间嵌入的高维时间序列数据异常模式发现，科技部-外专项目，2022-01至2023-12，在研，主持。

2. 时间序列图像驱动的植物表型智能识别理论与技术，南京农业大学中央高校基本业务费，2022-07至2025-06，在研，主持。

3. 大尺度生物分子网络建模揭示肿瘤放射抗性的分子机制，江苏省自然科学基金-面上项目，2021-07至2024-06，在研，主持。

4. 大规模生物信息计算揭示阿尔茨海默病基因表达的振荡模式，南京农业大学-校级项目，2021-07至2022-06，已结题，主持。

5. AI-优化的生物信息与系统生物学方法研究，南京农业大学海外高层次引进人才启动项目，2020-10至2025-09，在研，主持。

学术成果

(论文、专利、软著等)

一、主要代表作 (平均IF为：7.265，参考Letpub五年影响因子)

1. S Xie, X Xie, X Zhao, F Liu, Y Wang, J Ping, Z Ji*. HNSPPI: A Hybrid Computational Model Combing Network and Sequence Information for Predicting Protein-Protein Interaction. Briefings in Bioinformatics, 2023. (CCF推荐期刊, JCR Q1, IF=10.6)

2. X Xie, F Xia, Y Wu, S Liu, K Yan, H Xu, Z Ji*. A novel Feature Selection Strategy Based on Enhanced Slap Swarm Algorithm for Diseased Plant Classification. Plant Phenomics, 2023. (Science Partner Journal, JCR Q1, IF=7.5)

3. Z Ji^#, J Mims^#, N Devarie-Baez, J Lewis, H Wu, K Shukla, E Lopez, V Vitvitsky, C Key, M Kemp, R Banerjee, J Parks, A Tsang, X Zhou*, C Furdui*. Redox Integration of Signaling and Metabolism in a Head and Neck Cancer Model of Radiation Resistance using COSM^RO. Frontiers in Oncology, 2023. (JCR Q2, IF=5.2)

4. E Kim, Y Kim, Z Ji, J Kang, K Ono, M Wirianto, K Paudel, J Kim, K Mahan, X Zhou, H Lee, J Yoo, S Yoo, Z Chen. ROR activation by Nobiletin enhances anti-tumor efficacy via suppression of IκB/NF-κB signaling in triple-negative breast cancer. Cell Death & Disease, 2022. (Cell Press重要期刊, JCR Q1, IF=9.2)

5. Z Ji*, K Yan, X Xie, Y Xiang, J Huang. A Space-embedding Strategy for Anomaly Detection in Multivariate Time Series. Expert Systems with Applications, 2022, 206: 1-15. (CCF推荐期刊, JCR Q1, IF=8.5)

6. K Yan, X Guo, Z Ji, X Zhou. Deep Transfer Learning for Cross-Species Plant Disease Diagnosis Adapting Mixed Subdomains. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2021. (CCF推荐期刊, JCR Q2, IF=4.5)

7. F Xia^#, X Xie^#, S Jin, K Yan, Z Ji*. A Novel Computational Framework for Precision Diagnosis and Subtype Discovery of Plant with Lesion. Frontiers in Plant Science, 2021. (JCR Q1, IF=6.8)

8. X Xie, X Gu, Y Li, Z Ji*. K-size partial reduct: positive region optimization for attribute reduction. Knowledge-based Systems, 2021, 228: 1-16. (CCF推荐期刊, JCR Q1, IF=8.8)

9. X Zhao, H Li, S Lyu, J Zhai, Z Ji, et al., Single-cell transcriptomics reveals heterogeneous progression and EGFR activation in pancreatic adenosquamous carcinoma. International Journal of Biological Sciences, 2021, 17: 2590-2605. (JCR Q1, IF =9.2)

10. Z Ji*, C Liu, W Zhao, C Soto, X Zhou*. Multi-scale modeling for systematically understanding the key roles of microglia in AD development. Computers in Biology and Medicine, 2021, 133: 1-10. (JCR Q1, IF=7.7)

11. T Sun, Y Guo, L Zhao, M Fan, N Huang, M Tian, Q Liu, J Huang, Z Liu, Y Zhao, Z Ji, J Ping*. Evolution of the PB1 gene of human influenza A(H3N2) viruses circulating between 1968 and 2019. Transboundary and Emerging Diseases, 2021. (JCR Q1, IF=4.3)

12. N Jin, Y Zeng, K Yan, Z Ji. Multivariate Air Quality Forecasting with Nested LSTM Neural Network, IEEE Transactions on Industrial Informatics, 2021. (CAA推荐期刊, JCR Q1, IF=12.3)

13. H Hu, Q Guan, S Chen*, Z Ji*, Y Lin. Detection and Recognition for Life State of Cell Cancer Using Two-Stage Cascade CNNs. IEEE/ACM Transaction on Computational Biology and Bioinformatics, 2020, 17(3): 887-898. (CCF推荐期刊, JCR Q2, IF=4.5)

14. W Wang, Y Zhou, M Cheng, Y Wang, C Zheng, Y Xiong, P Chen, Z Ji*, B Wang*. Potential Pathogenic Genes Prioritization Based on Protein Domain Interaction Network Analysis. IEEE/ACM Transaction on Computational Biology and Bioinformatics, 2020, 18(3): 1026-1034. (CCF推荐期刊, JCR Q2, IF=4.5)

15. K Yan, J Huang, W Shen, Z Ji*. Unsupervised learning for fault detection and diagnosis of air handling units, Energy and Buildings, 2020, 20: 109689. (JCR Q1, IF=6.7)

16. Z Ji^#, W Zhao^#, HK Lin, X Zhou*. Systematically understanding the immunity leading to CRPC progression. PLoS Computational Biology, 2019, 15 (9): e1007344. (CCF推荐期刊, JCR Q1, IF=5.4)

17. M Hu, X Feng, Z Ji*, K Yan*, S Zhou. A novel computational approach for discord search with local recurrence rates in multivariate time series. Information Sciences, 2019, 477: 220-233. (CCF推荐期刊, JCR Q1,  IF=8.1)

18. K Yan^#, Z Ji^#, H Lu*, J Huang, W Shen, Y Xue. Fast and accurate classification of time series data using extended ELM: Application in fault diagnosis of air handling units. IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems, 2019, 49 (7): 1349-1356. (CAA推荐期刊, JCR Q1, IF=9.5, ESI高被引)

19. K Yan, Z Ji*, W Shen. Online fault detection methods for chillers combining extended kalman filter and recursive one-class SVM. Neurocomputing, 2017, 228: 205-212. (CCF推荐期刊, JCR Q1, IF=6)

20. Z Ji, B Wang, S Deng, Z You. Predicting dynamic deformation of retaining structure by LSSVR-based time series method. Neurocomputing, 2014, 137: 165-172. (CCF推荐期刊, JCR Q1, IF=6)

二、发明专利

1. 时磊，刘君强，计智伟，一种能量有效的混合无线传感器网络路由方法, 中国发明专利，ZL 201710050189.9, 2019-09-06。

2. 计智伟，夏菲，一种基于群智能优化的植物病害高精度识别方法，中国发明专利，实质审查公开，2022。

3. 计智伟，王宗钦，一种基于人工智能的细胞类型高精度识别方法，中国发明专利，实质审查公开，2023。

4．计智伟，池路通，一种人工智能驱动的蛋白-蛋白相互作用预测模型，中国发明专利，已提交申请，2023。

三、软件著作权

1. 夏菲, 计智伟，植物病害智能识别系统V1.0，计算机软件著作权登记，2022。

2. 王宗钦，计智伟，一种scRNA-seq数据快速聚类分析工具V1.0，计算机软件著作权登记，2023。

四、成果相关教材

1. 提出的BLP模型被写入了Springer教材Methods in Molecular Biology丛书之一《Bioinformatics and Drug Discovery》第16章第287页(2019年出版)。

2. 提出有关细胞间通讯的系统模型被写入了Elsevier教材《Exploring Mathematical Modeling in Biology》第2章第54页(2020年出版)。

社会兼职

l 2018-09至2019-12, Associate Guest Editor (客座编辑) for Special issue: “Machine Learning for AI-Enhanced Healthcare and Medical Services: New Development and Promising Solution” on IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (IF=3.702).

l 2020-05至2020-10, Guest Editor (客座编辑) for Special issue: “Artificial Intelligence (AI) Optimized Systems Modeling for the Deeper Understanding of Human Cancers” on Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (IF=6.064), Frontiers in Genetics (IF=4.772).

l 2020-09至2021-02, Associate Guest Editor (客座编辑) for Special issue: “Artificial Intelligence on Biological and Medical Information Processing” on Scientific Programming (IF=1.672).

l 2021-05至2021-06, Chair for workshop “Big data analysis, modeling, and prediction” in ICIVIS2021.

l 2021-11至2022-06, Guest Editor (客座编辑) for Special issue: “The Advanced Computational Biology Approaches for Accelerating Comprehensive Research of the Human Brain” on Biomolecules (IF=6.064).

l 2022-03至2022-09, Guest Editor (客座编辑) for Special issue: “The Advanced Computational Biology Approaches for Accelerating Comprehensive Research of the Human Brain” on Frontiers in Genetics (IF=4.772).

l 2022-04至2022-09, Associate Guest Editor (客座编辑) for Special issue: “Advances in Machine Learning and Artificial Intelligence in Preclinical Cell and Gene Therapies” on Frontiers in Bioengineering and Biotechnology (IF=6.064).

联系我们

数据科学与智能计算研究中心 (CDSIC)，经过1年多的快速发展，已吸纳了优秀学者共15人，包括教授、副教授和讲师共5人，博士和硕士研究生共12人，本科生2人。 团队现与美国、法国、澳大利亚、新加坡等多个优秀团队建立了合作关系。课题组每年选派老师或研究生出国访学。欢迎具有相关研究背景的海内外学者申请副教授或青年研究员 (Tenure-track)，加盟我们的团队。

 热忱欢迎专业或研究方向为数学（信息与计算科学、应用数学、统计学）、人工智能（机器学习、自然语言处理）、计算机科学与技术（计算机图形学、图像处理）、控制和自动化（复杂系统建模与计算智能、生物特征识别）、数据科学与大数据技术、生物信息与系统生物学的同学申请进组攻读博士或硕士研究生（工学学位）。

博士招生专业：智能科学与技术

学术型硕士招生专业：计算机科学与技术

专业型硕士招生专业：电子信息（计算机方向）、电子信息（自动化方向）

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